W latach 2000–2005 FAPA była jednostką koordynującą Program Aktywizacji Obszarów Wiejskich (PAOW). Celem Programu był szeroko rozumiany rozwój gospodarczy obszarów wiejskich.

W ramach PAOW wspierane były działania prowadzące do zwiększenie pozarolniczego zatrudnienia na obszarach wiejskich, decentralizacji administracji publicznej i rozwoju regionalnego oraz pomocy w budowaniu potencjału instytucjonalnego niezbędnego do uzyskania i wykorzystania przedakcesyjnych i strukturalnych funduszy Unii Europejskiej.

PAOW był drugim, obok SAPARD-u, programem mającym wesprzeć restrukturyzację obszarów wiejskich w Polsce. Zgodnie z ustaleniami pomiędzy Rządem RP oraz Bankiem Światowym Program skierowany był do mieszkańców obszarów wiejskich tzn. gmin wiejskich, gmin wiejsko-miejskich, gmin miejskich i powiatów (tylko w odniesieniu do dróg) z wyłączeniem miast powyżej 15 tys. mieszkańców.

Środki wykorzystane na rzecz Programu to 117,4 mln EUR, co stanowi 99% wartości kredytu Banku Światowego (1% wyniosła rezerwa Programu przeznaczona na ryzyko kursowe). Łącznie ze środkami budżetu Państwa oraz środkami własnymi samorządów i innych beneficjentów, wartość zaangażowanych środków w Programie wyniosła ponad 260 mln EUR.

W ramach programu, w pięciu województwach Polski, uruchomione zostały mikropożyczki. Eksperci Banku Światowego obliczyli, że w efekcie PAOW powstało 44 tys. nowych miejsc pracy.